| MirGeneDB ID | Dme-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1000-P1 Aae-Mir-1000-P2 Aga-Mir-1000 Bge-Mir-1000 Dan-Mir-1000 Dlo-Mir-1000 Dmo-Mir-1000 Dsi-Mir-1000 Dya-Mir-1000 Gpa-Mir-1000 Hme-Mir-1000 Tca-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 25588878-25588944 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUACCAUGAAAUCGGACGCUUGCCAUUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAACACUAUAUUAUAGUUUACUGCUGGGUCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCAUUAGCAACGAGCGGCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUACCAUGAAAUCGG--| GC U A U UCA UUGUAACACU ACGCUU CA UG UA UGUCCUG CAGCAGUA \ UGCGAG GU AC AU ACGGGGC GUCGUCAU A GGCGGCGAGCAACGAUUAC^ UU U A U UGG UUGAUAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-1000_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAUUGUCCUGUCACAGCAGUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005520 TargetScanFly: dme-miR-1000 |
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| Star sequence | Dme-Mir-1000_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGCUGGGUCGGGGCAUUAACA -67
Get sequence
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