| MirGeneDB ID | Aga-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1000-P1 Aae-Mir-1000-P2 Bge-Mir-1000 Dan-Mir-1000 Dlo-Mir-1000 Dme-Mir-1000 Dmo-Mir-1000 Dsi-Mir-1000 Dya-Mir-1000 Gpa-Mir-1000 Hme-Mir-1000 Tca-Mir-1000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 12965531-12965590 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACACAGCUUCACCCCCUAGCAGUCGAUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUACUUUUUGCCUAGUUUACUGUUGUUUCGGGACAUUUCCAUCGACGCUAGGGUUUUCAUCCGACCAUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACACAGCUUCACCCC---| A AUAU UC CUUUUU CUAGC GUCGAUG UGUCCUG ACAGCAGUA G GAUCG CAGCUAC ACAGGGC UGUUGUCAU C CUUUACCAGCCUACUUUUGG^ - CUUU UU UUGAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-1000_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0010109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAUUGUCCUGUCACAGCAGUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Aga-Mir-1000_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGUUGUUUCGGGACAUUUCCA -60
Get sequence
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