| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-214-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-214-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-214-P1 Gmo-Mir-214-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mal-Mir-214-P2-v1 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 Tni-Mir-214-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4457: 214261-214321 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-P2-v2) |
Mir-214-P2-v1
GeneScaffold_4457: 214260-214322 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-214-P2-v2 GeneScaffold_4457: 214261-214321 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-214-P2-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUUGGCUGAACCAGCCGCAGUGUGUCUGCCUGUCUUCACUUGCUGUGCAGUAAUUGGUUCAGCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGACGUCAGCCACUCAAGGACCGACUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAUUGGCUGAACCAGCCGCA--| G UCA GUAAUUG GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CA ACAGACGGACAGA GGACGACAUGU G AGUCAGCCAGGAACUCACCGACUG^ G CAC CCGACUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-214-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUGUCUUCACUUGCUGUGCA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-214-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACAGCAGGCACAGACAGGCAG -61
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-214-P2-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGAUUGGCUGAACCAGCCGCAGUGUGUCUGCCUGUCUUCACUUGCUGUGCAGUAAUUGGUUCAGCCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGACAGACGUCAGCCACUCAAGGACCGACUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUGAUUGGCUGAACCA--| CGCA G UCA AGUAAUUG GC GU UGUCUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CG CA ACAGACGGACAGA GGACGACAUG G CAGUCAGCCAGGAACUCAC^ ACUG G CAC UCCGACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-214-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUUCACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-214-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGA -63
Get sequence
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