| MirGeneDB ID | Ete-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-452-v1 Cfa-Mir-452-v1 Cja-Mir-452-v1 Cpo-Mir-452-v1 Hsa-Mir-452-v1 Laf-Mir-452 Mml-Mir-452-v1 Mmr-Mir-452-v1 Mmu-Mir-452-v1 Ocu-Mir-452-v1 Pab-Mir-452-v1 Rno-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980398: 3996459-3996519 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v1) |
Mir-224
JH980398: 3995184-3995252 [-]
UCSC
Mir-452-v1 JH980398: 3996459-3996519 [-] UCSC Mir-452-v2 JH980398: 3996460-3996516 [-] UCSC |
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| Variant | Ete-Mir-452-v1 |
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| Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCCAUUUUAUAAAUGCAAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUAUAACCAUGCCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAUCCCUCAAAAGGGUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCCAUUUUAUAAAU--| AA GU G A ACUUUAU GCAAAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAG \ CGUUUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUC A GAUGGGAAAACUCCCUAAC^ AA -- A C CGUACCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-452-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-452-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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| Variant | Ete-Mir-452-v2 |
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| Seed | GUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAUUUUAUAAAUGCAAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUAUAACCAUGCCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAUCCCUCAAAAGGGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAUUUUAUAAAUGCA----| AA GU G A ACUUUAU AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAG \ UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUC A AUGGGAAAACUCCCUAACCGU^ AA -- A C CGUACCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-452-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-452-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAG -57
Get sequence
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