| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-452-v1 Cfa-Mir-452-v1 Cja-Mir-452-v1 Ete-Mir-452-v1 Hsa-Mir-452-v1 Laf-Mir-452 Mml-Mir-452-v1 Mmr-Mir-452-v1 Mmu-Mir-452-v1 Ocu-Mir-452-v1 Pab-Mir-452-v1 Rno-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v1) |
Mir-224
scaffold_197: 1056776-1056844 [-]
UCSC
Mir-452-v1 scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC Mir-452-v2 scaffold_197: 1057811-1057867 [-] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-452-v1 |
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| Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUGAUCUUGUAAAUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGCAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUGAUCUUGUAAAU--| U AA GU G A CUUUGC GC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGA \ CG UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCU A AUAGGAGAGUUCCCCGAAC^ U AA -- A C GUAUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-452-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-452-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-452-v2 |
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| Seed | GUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAUCUUGUAAAUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGCAACUAUGUCUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGAUCUUGUAAAUGCU----| AA GU G A UUUGC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGAC \ UUCGUGAAUG GA AACGUCU CU UGACUCUG A UAGGAGAGUUCCCCGAACCGU^ AA -- A C UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-452-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-452-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCAGUCUCAUCUGCAAAGAAG -57
Get sequence
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