| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-224 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-224 Cfa-Mir-224 Cja-Mir-224 Eca-Mir-224 Ete-Mir-224 Hsa-Mir-224 Laf-Mir-224 Mml-Mir-224 Mmr-Mir-224 Mmu-Mir-224 Ocu-Mir-224 Pab-Mir-224 Rno-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_197: 1056776-1056844 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-224) |
Mir-224
scaffold_197: 1056776-1056844 [-]
UCSC
Mir-452-v1 scaffold_197: 1057810-1057870 [-] UCSC Mir-452-v2 scaffold_197: 1057811-1057867 [-] UCSC |
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| Seed | AAGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCAGACGAGACAAGGCCCAGGGGCUUUUAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAGUAGAUGUUUGUGCAUUGUUUCAAAAUGGUGCCCUAGUGACUACAAAGCCCCAUGGCCAGCAUCUUCACCAGAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGCAGACGAGACAAG--| CA UA U U AGUAGAUGUUU GCC GGGGCUUU AGUCACUAG GGU CCGUUU G CGG CCCCGAAA UCAGUGAUC CCG GGUAAA U ACUAGACCACUUCUACGAC^ UA CA - U ACUUUGUUACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-224_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-224_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AAAUGGUGCCCUAGUGACUACAA -69
Get sequence
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