| MirGeneDB ID | Ete-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-224 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-224 Cfa-Mir-224 Cja-Mir-224 Cpo-Mir-224 Eca-Mir-224 Hsa-Mir-224 Laf-Mir-224 Mml-Mir-224 Mmr-Mir-224 Mmu-Mir-224 Ocu-Mir-224 Pab-Mir-224 Rno-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980398: 3995184-3995252 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-224) |
Mir-224
JH980398: 3995184-3995252 [-]
UCSC
Mir-452-v1 JH980398: 3996459-3996519 [-] UCSC Mir-452-v2 JH980398: 3996460-3996516 [-] UCSC |
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| Seed | AAGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCAGAGGAGACAAGGCCCAGGGGCUUUCAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAGUAGAUGGUUGUGCAUUGUUUCAAAAUGGUGCCCUAGUGACUACAAAGCCCCAGAGCCGGCAUCAUCCCCCAAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGCAGAGGAGACAAG--| CCA CA U U AGUAGAUGGUU GC GGGGCUUU AGUCACUAG GGU CCGUUU G CG CCCCGAAA UCAGUGAUC CCG GGUAAA U CCGAACCCCCUACUACGGC^ AGA CA - U ACUUUGUUACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-224_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-224_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AAAUGGUGCCCUAGUGACUACAA -69
Get sequence
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