| MirGeneDB ID | Ete-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980337: 15887002-15887062 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-216-P2a
JH980337: 15854854-15854915 [+]
UCSC
Mir-216-P2b JH980337: 15879518-15879578 [+] UCSC Mir-217-v2 JH980337: 15887002-15887062 [+] UCSC Mir-217-v1 JH980337: 15887003-15887061 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ete-Mir-217-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAACGUCACAAAGAGCUUUUGAUGUUGCAGGUACUGCAUCAGGAACUGAUCGGAUAAGUAUCUGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCAGCAUCUAACUGAGCUUCAGGAAACACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAACGUCACAAAGAGCUUUU--| C C C C AUAAGU GAUGUUG AGGUA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACGAC UCCGU ACGUA UCCUUGACUA CC U CCACAAAGGACUUCGAGUCAAU^ U C A - ACUGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a one nt mismatch between the reads and the genomic sequence the 3' end of the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-217-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUACUGCAUCAGGAACUGAUCGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-217-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCACUGCCU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ete-Mir-217-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACGUCACAAAGAGCUUUUGAUGUUGCAGGUACUGCAUCAGGAACUGAUCGGAUAAGUAUCUGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCAGCAUCUAACUGAGCUUCAGGAAACACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACGUCACAAAGAGCUUUU--| C C C C AUAAGU GAUGUUG AGGUA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACGAC UCCGU ACGUA UCCUUGACUA CC U CACAAAGGACUUCGAGUCAAU^ U C A - ACUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a one nt mismatch between the reads and the genomic sequence the 3' end of the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ete-Mir-217-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUCGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ete-Mir-217-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCACUGCC -59
Get sequence
|
