| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009160.1: 1836435-1836494 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
FYBX02009160.1: 1836435-1836494 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 FYBX02009160.1: 1836435-1836494 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 FYBX02009160.1: 1836436-1836493 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-455-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCAUUGCCCUCUUGUACCAGUUGUGGUUGUAUGUGCCUGUGGACCACAUCGUAGCUGUGGUCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACCUACGGCUGGCUCUGCGGGGCCGAGACAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCAUUGCCCUCUUGUA--| U UG CA CGUAGCU CCAGUUGUGG UGUAUGUGCC UGGAC CAU G GGUCGGCAUC ACAUAUACGG GCCUG GUA U AAACAGAGCCGGGGCGUCUC^ C GU AC CCACUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-455-v3_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUGUGGACCACAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-455-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCGUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-455-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAUUGCCCUCUUGUACCAGUUGUGGUUGUAUGUGCCUGUGGACCACAUCGUAGCUGUGGUCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACCUACGGCUGGCUCUGCGGGGCCGAGACAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCAUUGCCCUCUUGUA--| U UG CA C UAGCU CCAGUUGUGG UGUAUGUGCC UGGAC CAU G G GGUCGGCAUC ACAUAUACGG GCCUG GUA C U AACAGAGCCGGGGCGUCUC^ C GU AC C ACUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-455-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCUGUGGACCACAUCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-455-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCGUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-455-v2 |
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| Seed | CAGUCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCAUUGCCCUCUUGUACCAGUUGUGGUUGUAUGUGCCUGUGGACCACAUCGUAGCUGUGGUCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACCUACGGCUGGCUCUGCGGGGCCGAGACAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCAUUGCCCUCUUGUA--| U UG CA CGUAGCU CCAGUUGUGG UGUAUGUGCC UGGAC CAU G GGUCGGCAUC ACAUAUACGG GCCUG GUA U AAACAGAGCCGGGGCGUCUC^ C GU AC CCACUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-455-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUGUGGACCACAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-455-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCGUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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