| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-217-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-217-P1-v1 Ebu-Mir-217-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Pma-Mir-217-P2-v1 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02005270.1: 1698341-1698400 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-P2-v2) |
Mir-217-P2-v2
FYBX02005270.1: 1698341-1698400 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P2-v1 FYBX02005270.1: 1698342-1698399 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a2 FYBX02005270.1: 1704272-1704341 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-217-P2-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAUUAUGAUCAAUGUAACUGACGUUGCAGAUACUGCAUUAGGAACUGAUUGGGUUGUAGCACUCACCAUCAGUUUCUUGUGCAUUGCCUGCUGCAUCGAUGUUGCGCCAGGAUCUCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAUUAUGAUCAAUGUAAC--| C U A C U U GUUGUA UGA GU GCAG UA UGCAU AGGAACUGAU GG \ GCU CG CGUC GU ACGUG UCUUUGACUA CC G GAACUCUAGGACCGCGUUGUA^ A U C U U - ACUCAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-217-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUUAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-217-P2-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUCAGUUUCUUGUGCAUUGCCU -60
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-217-P2-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUAUGAUCAAUGUAACUGACGUUGCAGAUACUGCAUUAGGAACUGAUUGGGUUGUAGCACUCACCAUCAGUUUCUUGUGCAUUGCCUGCUGCAUCGAUGUUGCGCCAGGAUCUCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUUAUGAUCAAUGUAAC--| C U A C U U GUUGUA UGA GU GCAG UA UGCAU AGGAACUGAU GG \ GCU CG CGUC GU ACGUG UCUUUGACUA CC G AACUCUAGGACCGCGUUGUA^ A U C U U - ACUCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-217-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUUAGGAACUGAUUGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-217-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAUCAGUUUCUUGUGCAUUGCC -58
Get sequence
|
