| MirGeneDB ID | Dya-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-999 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-999 Aga-Mir-999 Dan-Mir-999 Dme-Mir-999 Dmo-Mir-999 Dsi-Mir-999 Gpa-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
3R: 18443963-18444022 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-999) |
Mir-999
3R: 18443963-18444022 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4969 3R: 18444241-18444357 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUUAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAGAAAGGAUGCCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCAGCCACACCAGCCACAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAAGAAAGGAUGCCGCU--| CC A G GUGUAU CAAUUACC GACAUAGUC UACGGU AAUGUU U GUUGGUGG CUGUGUCAG AUGUCA UUGUAA G ACUACACCGACCACACCGACC^ CU A A CCAGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-999_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUAGUCAUACGGUGAAUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-999_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUUAACUGUAAGACUGUGUCU -60
Get sequence
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