MirGeneDB ID | Aga-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-999 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-999 Dan-Mir-999 Dme-Mir-999 Dmo-Mir-999 Dsi-Mir-999 Dya-Mir-999 Gpa-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 8164995-8165055 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUUUCAAAUUCGAAUCGCAUUGGCAAGGACGCGGUCAUGCAGUCUAAUAUUUGGCAUUCGAUUCAAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUUUGACACUGUUUCUAGCAUCGUGGAAAUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUUUCAAAUUCGAAUC--| U G A C UGGCAU GCA UG CAAGGACGCGGUC UGCAGU UAAUAUU U UGU AC GUUUCUGUGUCAG AUGUCA AUUGUAA C AGUAAAGGUGCUACGAUCUU^ C A A - ACUUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aga-Mir-999_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGCGGUCAUGCAGUCUAAUAUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Aga-Mir-999_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGUUAACUGUAAGACUGUGUCU -61
Get sequence
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