| MirGeneDB ID | Dno-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-873-v1 Cfa-Mir-873-v1 Cja-Mir-873-v1 Cpo-Mir-873-v1 Eca-Mir-873-v1 Ete-Mir-873-v1 Hsa-Mir-873-v1 Laf-Mir-873 Mdo-Mir-873-v1 Mml-Mir-873-v1 Mmr-Mir-873 Mmu-Mir-873-v1 Neu-Mir-873-v1 Oan-Mir-873-v1 Ocu-Mir-873-v1 Pab-Mir-873-v1 Rno-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH581283: 597023-597081 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v1) |
Mir-873-v1
JH581283: 597023-597081 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 JH581283: 597024-597080 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v2 JH581283: 622704-622766 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 JH581283: 622706-622764 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dno-Mir-873-v1 |
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| Seed | AGACUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCCUGCUUAAAACAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUUAUUUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCCUGCUUAAAACAA--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA GUUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A UCAUCUUUAUUCAUCCUUC^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-873-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-873-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGACUGAUGAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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| Variant | Dno-Mir-873-v2 |
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| Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGCUUAAAACAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUUAUUUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGCUUAAAACAAG--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA UUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A CAUCUUUAUUCAUCCUUCU^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-873-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-873-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
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