| MirGeneDB ID | Cja-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-873-v1 Cfa-Mir-873-v1 Cpo-Mir-873-v1 Dno-Mir-873-v1 Eca-Mir-873-v1 Ete-Mir-873-v1 Hsa-Mir-873-v1 Laf-Mir-873 Mdo-Mir-873-v1 Mml-Mir-873-v1 Mmr-Mir-873 Mmu-Mir-873-v1 Neu-Mir-873-v1 Oan-Mir-873-v1 Ocu-Mir-873-v1 Pab-Mir-873-v1 Rno-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 133148383-133148441 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v1) |
Mir-876-v2
CM021915.1: 133122225-133122287 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-876-v1 CM021915.1: 133122227-133122285 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v1 CM021915.1: 133148383-133148441 [-] UCSC Ensembl Mir-873-v2 CM021915.1: 133148384-133148440 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-873-v1 |
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| Seed | GCAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCCUGCUUAGAAUAA--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA GUUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A UCAUCUUUACUCAUCCUUC^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-873-v1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-873-v1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGACUGAUGAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-873-v2 |
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| Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUGCUUAGAAUAAG--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA UUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A CAUCUUUACUCAUCCUUCU^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-873-v2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-873-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
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