| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-975 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-975 Dme-Mir-975 Dsi-Mir-975 Dya-Mir-975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6328: 2901150-2901214 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-975) |
Mir-9699
scaffold_6328: 2897073-2897136 [-]
Ensembl
Mir-9698 scaffold_6328: 2897212-2897271 [-] Ensembl Mir-9696 scaffold_6328: 2897801-2897865 [-] Ensembl Mir-977 scaffold_6328: 2900861-2900925 [-] Ensembl Mir-976 scaffold_6328: 2901001-2901057 [-] Ensembl Mir-975 scaffold_6328: 2901150-2901214 [-] Ensembl Mir-9692 scaffold_6328: 2904552-2904614 [-] Ensembl Novel-11 scaffold_6328: 2908942-2909005 [-] Ensembl Mir-973 scaffold_6328: 2909125-2909190 [-] Ensembl |
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| Seed | CAAGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGCCAGCAUUUCAUAUGGUCUUUGAUUGUAGAUACUCCCUAUAUCCCGUAUGUGCGAUACUUUGAUAAAAUACAAGAUGUAUGGGGUGUCUGCAAUCACAAACCACAUAGCCGCAAUCAAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGCCAGCAUUUCAUA-| CUU C CC GUGCGAUA UGGU UGAUUGUAGAUACUCC UAUAUC GUAU C ACCA ACUAACGUCUGUGGGG AUGUAG CAUA U ACAAACUAACGCCGAUAC^ AAC U AA AAAUAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-975_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAUACUCCCUAUAUCCCGUAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-975_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- ACAAGAUGUAUGGGGUGUCUGC -65
Get sequence
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