| MirGeneDB ID | Dmo-Novel-11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DMO-NOVEL-11 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6328: 2908942-2909005 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-11) |
Mir-9699
scaffold_6328: 2897073-2897136 [-]
Ensembl
Mir-9698 scaffold_6328: 2897212-2897271 [-] Ensembl Mir-9696 scaffold_6328: 2897801-2897865 [-] Ensembl Mir-977 scaffold_6328: 2900861-2900925 [-] Ensembl Mir-976 scaffold_6328: 2901001-2901057 [-] Ensembl Mir-975 scaffold_6328: 2901150-2901214 [-] Ensembl Mir-9692 scaffold_6328: 2904552-2904614 [-] Ensembl Novel-11 scaffold_6328: 2908942-2909005 [-] Ensembl Mir-973 scaffold_6328: 2909125-2909190 [-] Ensembl |
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| Seed | UAGUCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUACAAACUGUAUAUAUGUAUUACUCCAAUAGUCGUAUACAAUUAUGAGUCUGAAUGUUUCAAUCGAAGACAAUAAGUGUUUACGAAUAUCAGAGUAUUAUGAUAUAAGCACAUACGGGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCUACAAACUGUAUAUAU--| U CA G U A GA UGAAUGUU GUA UACUC AUA UCGUA ACA UUAU GUC \ UAU AUGAG UAU AGCAU UGU AAUA CAG U AAAGGGCAUACACGAAUAUAG^ U AC A U G A- AAGCUAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Novel-11_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUAGUCGUAUACAAUUAUGAGUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Novel-11_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAAUAAGUGUUUACGAAUAUCA -64
Get sequence
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