| MirGeneDB ID | Dma-Mir-87-o5a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-87-o5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dpu-Mir-87-o5a Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046176.1: 6157349-6157434 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-o5a) |
Mir-216-P1
NC_046176.1: 6125840-6125925 [+]
Ensembl
Mir-216-P2 NC_046176.1: 6126328-6126441 [+] Ensembl Mir-12 NC_046176.1: 6126792-6126852 [+] Ensembl Mir-87-o5b NC_046176.1: 6157168-6157231 [-] Ensembl Mir-87-o5a NC_046176.1: 6157349-6157434 [-] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGCCAACAACUUUUCACGUCCGCCUGCCGGGCCUGAUCCUUUGCUCAACCUGUGAUCGUAAACCUAGUAUUACCCUCCUUGUGCGGGAGGAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGCGUUAGUUGGUUGCGUGCAUCUCAUCUCAAUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UUUGCCAACAACUUUUCA --| C C G UC A GUGAUCGUAAACCUAGUAU CGU CCG CUG CG GCCUGA CUUUGCUCA CCU \ GCG GGU GAU GC UGGACU GAAACGAGU GGA U AGUAACUCUACUCUACGU UU^ U U G UU - GGAGGGCGUGUUCCUCCCA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-87-o5a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGCCUGAUCCUUUGCUCAACCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-87-o5a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
64- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGCGU -86
Get sequence
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