| MirGeneDB ID | Dma-Mir-282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-282 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-282 Bge-Mir-282 Dan-Mir-282 Dme-Mir-282 Dmo-Mir-282 Dpu-Mir-282 Dsi-Mir-282 Dya-Mir-282 Gpa-Mir-282 Hme-Mir-282 Tca-Mir-282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046178.1: 847714-847800 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-282-v1) |
Mir-282-v1
NC_046178.1: 847714-847800 [-]
Ensembl
Mir-282-v2 NC_046178.1: 847714-847800 [-] Ensembl |
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| Variant | Dma-Mir-282-v1 |
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| Seed | CAACGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCACAAUACGCAUAACAUAUUUGCUAGGUAGCCUCUCCUAGGCUUUGUCUUGUUGACGUUUGGGUUCUUGGCUUCGGCAAAAGAAAUUCUAGACAACGUCUUGGAGAGCGCUACUUAGCAUAUAUCGAAAGUCAACCGGUACACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCCCACAAUACGCAUAAC-- U -| U U UGUUGACGUUUGGGUUCUU AUAU UGCUAGGUAGC CUCUCC AGGC UUGUCU G UAUA ACGAUUCAUCG GAGAGG UCUG AACAGA G GCACAUGGCCAACUGAAAGC U C^ U C UCUUAAAGAAAACGGCUUC 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-282-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCCUCUCCUAGGCUUUGUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-282-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
64- ACAACGUCUUGGAGAGCGCUACU -87
Get sequence
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| Variant | Dma-Mir-282-v2 |
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| Seed | AACGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCACAAUACGCAUAACAUAUUUGCUAGGUAGCCUCUCCUAGGCUUUGUCUUGUUGACGUUUGGGUUCUUGGCUUCGGCAAAAGAAAUUCUAGACAACGUCUUGGAGAGCGCUACUUAGCAUAUAUCGAAAGUCAACCGGUACACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCCCACAAUACGCAUAAC-- U -| U U UUGUUGACGUUUGGGUUCUU AUAU UGCUAGGUAGC CUCUCC AGGC UUGUC G UAUA ACGAUUCAUCG GAGAGG UCUG AACAG G GCACAUGGCCAACUGAAAGC U C^ U C AUCUUAAAGAAAACGGCUUC 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-282-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCCUCUCCUAGGCUUUGUC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-282-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
65- CAACGUCUUGGAGAGCGCUACU -87
Get sequence
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