| MirGeneDB ID | Dan-Novel-20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | DAN-NOVEL-20 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. ananassae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. ananassae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12903: 550138-550198 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-20) |
Novel-18
scaffold_12903: 534990-535045 [+]
Ensembl
Novel-19 scaffold_12903: 535322-535384 [+] Ensembl Novel-20 scaffold_12903: 550138-550198 [+] Ensembl Novel-13 scaffold_12903: 550268-550328 [+] Ensembl Novel-4 scaffold_12903: 550400-550461 [+] Ensembl Novel-5 scaffold_12903: 550549-550607 [+] Ensembl Novel-6 scaffold_12903: 550718-550780 [+] Ensembl Novel-7 scaffold_12903: 554769-554835 [+] Ensembl Novel-8 scaffold_12903: 555085-555146 [+] Ensembl Novel-9 scaffold_12903: 558880-558937 [+] Ensembl Novel-10 scaffold_12903: 559716-559778 [+] Ensembl |
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| Seed | AAGCGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAAGGAUAACCCCCAGAUAAGUGUAGUACUCCUAGUGGUAGAGACGGCUUAUAUUUUUUCAUCCAUAUAAGCGCUCUAACCACUAGAAGAUACUCUGCUUAUAGAGUCUUCAGGAUCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAAGGAUAACCCCCAG- GU - C -| A G UUUUU AUAAGU AGUA CU CUAGUGG UAGAG CG CUUAUA U UAUUCG UCAU GA GAUCACC AUCUC GC GAAUAU C CUUCUAGGACUUCUGAGA UC A A A^ - - ACCUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Novel-20_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUAGUGGUAGAGACGGCUUAUA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Novel-20_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGCGCUCUAACCACUAGAAGA -61
Get sequence
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