| MirGeneDB ID | Dan-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-978 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-978-v1 Dsi-Mir-978-v1 Dya-Mir-978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13417: 2460540-2460602 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-978-v1) |
Mir-978-v1
scaffold_13417: 2460540-2460602 [-]
Ensembl
Mir-978-v2 scaffold_13417: 2460541-2460600 [-] Ensembl Mir-977 scaffold_13417: 2467469-2467532 [-] Ensembl Mir-976 scaffold_13417: 2467590-2467647 [-] Ensembl Mir-975 scaffold_13417: 2467720-2467781 [-] Ensembl Mir-974 scaffold_13417: 2478498-2478562 [-] Ensembl Mir-973 scaffold_13417: 2478669-2478737 [-] Ensembl |
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| Variant | Dan-Mir-978-v1 |
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| Seed | GUCCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGGACAGGGCAAGCUCGGCGGCACAGACAGCAUUCGACGCUGCUGGCUUACGUGGUGGUUGAUAUCCGUGUCCAGUGACGUUGAUUGCAGUUGUGUAGACGCGAAUUACAGCGACCGAUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCGGACAGGGCAAGCUCG ---| ACA U CU CU UGGUGG GCG GCACAG GCA UCGACG GCUGG UACG U CGC UGUGUU CGU AGUUGC UGACC GUGC U GAUAGCCAGCGACAUUAAG AGA^ GA- U AG U- CUAUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-978-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAUUCGACGCUGCUGGCUUACGUG -26
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-978-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGUCCAGUGACGUUGAUUGCAGU -63
Get sequence
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| Variant | Dan-Mir-978-v2 |
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| Seed | UGUCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGACAGGGCAAGCUCGGCGGCACAGACAGCAUUCGACGCUGCUGGCUUACGUGGUGGUUGAUAUCCGUGUCCAGUGACGUUGAUUGCAGUUGUGUAGACGCGAAUUACAGCGACCGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGACAGGGCAAGCUCG- ---| ACA U CU CU U UGGU GCG GCACAG GCA UCGACG GCUGG UACG GG \ CGC UGUGUU CGU AGUUGC UGACC GUGC CU U AUAGCCAGCGACAUUAAG AGA^ GA- U AG U- - AUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-978-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUCGACGCUGCUGGCUUACGUGG -25
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-978-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGUCCAGUGACGUUGAUUGCAG -60
Get sequence
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