| MirGeneDB ID | Dan-Mir-973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-973 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-973 Dmo-Mir-973 Dsi-Mir-973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13417: 2478669-2478737 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-973) |
Mir-978-v1
scaffold_13417: 2460540-2460602 [-]
Ensembl
Mir-978-v2 scaffold_13417: 2460541-2460600 [-] Ensembl Mir-977 scaffold_13417: 2467469-2467532 [-] Ensembl Mir-976 scaffold_13417: 2467590-2467647 [-] Ensembl Mir-975 scaffold_13417: 2467720-2467781 [-] Ensembl Mir-974 scaffold_13417: 2478498-2478562 [-] Ensembl Mir-973 scaffold_13417: 2478669-2478737 [-] Ensembl |
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| Seed | CUGUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACUUAAUAUUGAAAUGACACCGACUCCUCGUGUUUGGCGAUUGAACCUGGAUUUUUAAUUUUCGAGUACGAGAAAUCUGUUCAUUCCUCGACACUAGUAGUUGGCGCGACACUCAGCGCACCAAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAACUUAAUAUUGAAAUGACA--| C C U C U CU UUUAAUUUU CCGACU CU GUGUU GG GA UGAAC GGAUU C GGUUGA GA CACAG UC CU ACUUG UCUAA G ACAAACCACGCGACUCACAGCGC^ U U C - U -- AGAGCAUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-973_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUUGGCGAUUGAACCUGGAUU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-973_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UCUGUUCAUUCCUCGACACUAG -69
Get sequence
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