| MirGeneDB ID | Cte-Mir-92-o38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-92c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-92-o36 Cte-Mir-92-o37 Cte-Mir-92-o61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 Snu-Mir-92-o38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_14: 594225-594286 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o38) |
Mir-92-o38
CAPTEscaffold_14: 594225-594286 [-]
Ensembl
Mir-92-o37 CAPTEscaffold_14: 594348-594403 [-] Ensembl Mir-92-o36 CAPTEscaffold_14: 595238-595297 [-] Ensembl Mir-92-o61 CAPTEscaffold_14: 595402-595468 [-] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACUCUCUUAUUAUUACGUCAGUGAAGGAGGUCGUGACAAGCGGCAAUCCUGGUCUGGCUGAUGCUCCAAUUGCACUUGUCCCGGCCUGCUCAGACUGACCUCUCACGUCAUUGCCAUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGACUCUCUUAUUAUUAC- GA-| G U CG CCUGGUCUGG GUCAGU AG AGGUCG GACAAG GCAAU \ CAGUCA UC UCCGGC CUGUUC CGUUA C GCUACCGUUACUGCACUCUC GAC^ G C A- ACCUCGUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-92-o38_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGUGACAAGCGGCAAUCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-92-o38_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUGC -62
Get sequence
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