| MirGeneDB ID | Csc-Let-7-P18a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Csc-Let-7-P18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384344.1: 388884-388951 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P18a) |
Mir-10-P2r2
NW_019384344.1: 385704-385766 [+]
Ensembl
Let-7-P18b NW_019384344.1: 386477-386544 [+] Ensembl Mir-10-P2r1 NW_019384344.1: 388111-388173 [+] Ensembl Let-7-P18a NW_019384344.1: 388884-388951 [+] Ensembl Mir-10-P3r2 NW_019384344.1: 391437-391492 [+] Ensembl Mir-10-P3r1 NW_019384344.1: 397903-397958 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUGUCCUCAAGAACAUGUGUGCCCGGUGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUGAGAACUACAUCCAUCAGGAGAACUGUACAACUUGCUAACUUUCCCUGGGACACACCCAAUCACCGAUAGAAGACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUUGUCCUCAAGAACAU-- -| UGU G GAGAACUACA GUGUG CCCGG GAG UAGUAGGUUGUAUAGUU \ CACAC GGGUC UUC AUCGUUCAACAUGUCAA U UCAGAAGAUAGCCACUAACC A^ CCU A GAGGACUACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Csc-Let-7-P18a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Csc-Let-7-P18a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUGUACAACUUGCUAACUUUCCC -68
Get sequence
|
