MirGeneDB ID | Csc-Iab-4-P7-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | IAB-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Csc-Iab-4-P6 Csc-Iab-4-P6-as Csc-Iab-4-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Iab-4 Bge-Iab-4 Dan-Iab-4 Dlo-Iab-4 Dma-Iab-4 Dme-Iab-4 Dmo-Iab-4 Dpu-Iab-4 Dsi-Iab-4 Dya-Iab-4 Gpa-Iab-4 Hme-Iab-4 Isc-Iab-4 Tca-Iab-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384783.1: 169682-169742 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Iab-4-P7-as) |
Iab-4-P7-as
NW_019384783.1: 169682-169742 [-]
Ensembl
Iab-4-P7 NW_019384783.1: 169684-169743 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAUACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGAUCGAUGAGAGCUCAGUGUCUCCUGCUACGUAUACUGAAGGUAUACCGGAAAGUAAAAUUAACUCAGGAUACAUUCAGUAUACGAACAGGAGGCAUUGCUAUGUUAACCAUCUUUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGAUCGAUGAGAGCU--| CUA G A G AAGUAA CAGUGUCUCCUG CGUAUACUGAA GUAU CC GA \ GUUACGGAGGAC GCAUAUGACUU CAUA GG CU A UUUUUCUACCAAUUGUAUC^ AA- A - A CAAUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Csc-Iab-4-P7-as_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACGUAUACUGAAGGUAUACCGGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Csc-Iab-4-P7-as_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AGGAUACAUUCAGUAUACGAAC -61
Get sequence
|