| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-652 Cfa-Mir-652 Cja-Mir-652 Dno-Mir-652 Eca-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Laf-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmr-Mir-652 Mmu-Mir-652 Ocu-Mir-652 Pab-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_46: 10888951-10889012 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUGGGCACCACGAAUGGCUAUGCACUGCACAACCCUAGGAAGGGGUGCCAUUCACAUGGACUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGAAGUGUACAACCUACACAACUGUACUCGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAUGGGCACCACGAAU-| CUA G GAAGG CAUGGA GG UGCACU CACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ CC AUGUGA GUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU C CUGCUCAUGUCAACACAU^ AAC A A---- UAAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-652_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAACCCUAGGAAGGGGUGCCAUUCA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-652_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -62
Get sequence
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