| MirGeneDB ID | Cja-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-652 Cfa-Mir-652 Cpo-Mir-652 Dno-Mir-652 Eca-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Laf-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmr-Mir-652 Mmu-Mir-652 Ocu-Mir-652 Pab-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 102562392-102562452 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGGCCACCACGAAUGGCUAUGCACUGCACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCACAUAGACUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGCAGUGCACAACCUACACAACUGUACUCGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGGCCACCACGAAUGGCUA--| GAGAG CAUAGA UGCACUGCACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ ACGUGACGUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU C UGGCUCAUGUCAACACAUCCAAC^ A---- UAAUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-652_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-652_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -61
Get sequence
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