| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-652 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-652 Cja-Mir-652 Cpo-Mir-652 Dno-Mir-652 Eca-Mir-652 Ete-Mir-652 Hsa-Mir-652 Laf-Mir-652 Mml-Mir-652 Mmr-Mir-652 Mmu-Mir-652 Ocu-Mir-652 Pab-Mir-652 Rno-Mir-652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 83271857-83271918 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGGCUGCCACGAAUGGCUUUGCACUACACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCACAUAGACUAUAAUUGAAUGGCGCCACUAGGGUUGUGCAGUGCACAACCUACACAACUGUACUCGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGGCUGCCACGAAU-| CUU A GAGAG CAUAGA GG UGCACU CACAACCCUAG GGUGCCAUUCA \ CC ACGUGA GUGUUGGGAUC CCGCGGUAAGU C CGGCUCAUGUCAACACAU^ AAC C A---- UAAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-652_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAACCCUAGGAGAGGGUGCCAUUCA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-652_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAUGGCGCCACUAGGGUUGUG -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-652 miRDB: MIMAT0006743 |
