MirGeneDB ID | Cpo-Mir-1842-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-1842-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1842-v1 Cfa-Mir-1842-v1 Dno-Mir-1842-v1 Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_4: 22299160-22299220 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v1) |
Mir-1842-v1
scaffold_4: 22299160-22299220 [-]
UCSC
Mir-1842-v2 scaffold_4: 22299160-22299219 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAUGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUUGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACACAGCAGGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAUGCCUGUGAGGUU--| GUGC UUG CG G AGGUGGG GGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCA U CCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGU C CGUGGACGACACACGAGGA^ ACCC UG- UG A UAUAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-1842-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-1842-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -61
Get sequence
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