| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-1842-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_4: 22299160-22299219 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v2) |
Mir-1842-v1
scaffold_4: 22299160-22299220 [-]
UCSC
Mir-1842-v2 scaffold_4: 22299160-22299219 [-] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-1842-v2 |
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| Seed | GGCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAUGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUUGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACACAGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGCCUGUGAGGUUGG C---| UUG CG G GGUGGG UGGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCAA U ACCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGUU C CGUGGACGACACACGAGG ACCC^ UG- UG A AUAGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-1842-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-1842-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -60
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-1842-v1 |
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| Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAUGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUUGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACACAGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAUGCCUGUGAGGUU--| GUGC UUG CG G AGGUGGG GGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCA U CCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGU C CGUGGACGACACACGAGGA^ ACCC UG- UG A UAUAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-1842-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-1842-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -61
Get sequence
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