| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1842-v1 Cpo-Mir-1842-v1 Dno-Mir-1842-v1 Eca-Mir-1842-v1 Mmr-Mir-1842-v1 Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr6: 38759034-38759094 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v1) |
Mir-1842-v1
chr6: 38759034-38759094 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1842-v2 chr6: 38759035-38759094 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-1842-v1 |
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| Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGCACCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCAGCUCAAGGUGGGUCUGGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACGCAGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGCACCUGUGAGGUU--| GUGC UUG CG A AGGUGGG GGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCA U CCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGU C CGUGGACGACGCACGAGGA^ ACCC UG- UG A UAUAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1842-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCUCUGCGAGGUCAGCUCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1842 miRDB: MIMAT0006701 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-1842-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -61
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-1842-v2 |
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| Seed | GGCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCACCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCAGCUCAAGGUGGGUCUGGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACGCAGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCACCUGUGAGGUUGG C---| UUG CG A GGUGGG UGGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCAA U ACCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGUU C CGUGGACGACGCACGAGG ACCC^ UG- UG A AUAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-1842-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCUCUGCGAGGUCAGCUCAA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-1842 miRDB: MIMAT0006701 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-1842-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -60
Get sequence
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