| MirGeneDB ID | Dno-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1842-v1 Cfa-Mir-1842-v1 Cpo-Mir-1842-v1 Eca-Mir-1842-v1 Mmr-Mir-1842-v1 Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH582338: 68190-68249 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v1) |
Mir-1842-v1
JH582338: 68190-68249 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1842-v2 JH582338: 68191-68249 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dno-Mir-1842-v1 |
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| Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCGCCGGGAGGCUGGUGGGGUUGACCUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUGACGUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCAUCGUUACUCACAGCAGGAGCAUGCAGCAGGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGCGCCGGGAGGCUG----| GU CUUG CG G AGGUGGG GUGGG UGAC GCUCUG AGGUC GCUCA \ CACUC AUUG CGGGAC UCCGG CGAGU U GCGGGACGACGUACGAGGACGA^ -- CUA- UG A UGCAGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-1842-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-1842-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGCAGGCCUGUCAGGGCAUCG -60
Get sequence
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| Variant | Dno-Mir-1842-v2 |
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| Seed | GGCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCGCCGGGAGGCUGGUGGGGUUGACCUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUGACGUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCAUCGUUACUCACAGCAGGAGCAUGCAGCAGGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGCGCCGGGAGGCUG-----| GU CUUG CG G GGUGGG GUGGG UGAC GCUCUG AGGUC GCUCAA \ CACUC AUUG CGGGAC UCCGG CGAGUU U GCGGGACGACGUACGAGGACGA^ -- CUA- UG A GCAGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-1842-v2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-1842-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGCAGGCCUGUCAGGGCAUCG -59
Get sequence
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