| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_23: 20636312-20636369 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
scaffold_23: 20636311-20636370 [+]
UCSC
Mir-147-v2 scaffold_23: 20636312-20636369 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-147-v2 |
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| Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCUUGUCCCAAGUGCUCUAUGAAUCUAGCGGAAACACUUCCGGACAGGCUUGGGUCUGGACACCAGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUAAGUUUUUAGGGUGUCUGCUUCCUUUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCUUGUCCCAAGUGC-- U UC A G --| CUUGGG UCUA GAA UAGCGGAA CACUUCCG ACA GG U GGAU UUU AUCGUCUU GUGAAGGC UGU CC C CAGGUUUCCUUCGUCUGUG U GA C G GA^ ACAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-147-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGAAACACUUCCGGACAGGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-147-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-147-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUCUUGUCCCAAGUGCUCUAUGAAUCUAGCGGAAACACUUCCGGACAGGCUUGGGUCUGGACACCAGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUAAGUUUUUAGGGUGUCUGCUUCCUUUGGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUCUUGUCCCAAGUG-- U UC A G --| CUUGGG CUCUA GAA UAGCGGAA CACUUCCG ACA GG U GGGAU UUU AUCGUCUU GUGAAGGC UGU CC C UCAGGUUUCCUUCGUCUGU U GA C G GA^ ACAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGGAAACACUUCCGGACAGGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-147-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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