MirGeneDB ID | Cpo-Mir-147-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v2 Gga-Mir-147 Hsa-Mir-147-v2 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmu-Mir-147-v2 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v2 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_23: 20636312-20636369 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
scaffold_23: 20636311-20636370 [+]
UCSC
Mir-147-v2 scaffold_23: 20636312-20636369 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCUUGUCCCAAGUGCUCUAUGAAUCUAGCGGAAACACUUCCGGACAGGCUUGGGUCUGGACACCAGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUAAGUUUUUAGGGUGUCUGCUUCCUUUGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCUUGUCCCAAGUGC-- U UC A G --| CUUGGG UCUA GAA UAGCGGAA CACUUCCG ACA GG U GGAU UUU AUCGUCUU GUGAAGGC UGU CC C CAGGUUUCCUUCGUCUGUG U GA C G GA^ ACAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-147-v2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGAAACACUUCCGGACAGGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-147-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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