| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584828: 2425586-2425643 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
JH584828: 2425585-2425644 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-147-v2 JH584828: 2425586-2425643 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cpi-Mir-147-v2 |
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| Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCCUCAAAAAUGUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCAUUUCUGCACAAACUCGACUACUGAAAUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUACAUUUUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGCCUCAAAAAUGUAC--| U C UG U AACUCGACU UCUA GAAU UAG GAA CAUUUCUGCACA A GGAU UUUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU C AGGUUUUUACAUCCCUCUG^ U C GU C GACUAAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-147-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAUCAUUUCUGCACAAACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-147-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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| Variant | Cpi-Mir-147-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUGCCUCAAAAAUGUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCAUUUCUGCACAAACUCGACUACUGAAAUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUACAUUUUUGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUGCCUCAAAAAUGUA--| U C UG U AACUCGACU CUCUA GAAU UAG GAA CAUUUCUGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU C CAGGUUUUUACAUCCCUCU^ U C GU C GACUAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0037780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGGAAUCAUUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-147-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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