MirGeneDB ID | Cpi-Mir-147-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v2 Gga-Mir-147 Hsa-Mir-147-v2 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmu-Mir-147-v2 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v2 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584828: 2425586-2425643 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
JH584828: 2425585-2425644 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-147-v2 JH584828: 2425586-2425643 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGCCUCAAAAAUGUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCAUUUCUGCACAAACUCGACUACUGAAAUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUACAUUUUUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGCCUCAAAAAUGUAC--| U C UG U AACUCGACU UCUA GAAU UAG GAA CAUUUCUGCACA A GGAU UUUA AUC CUU GUAAAGGCGUGU C AGGUUUUUACAUCCCUCUG^ U C GU C GACUAAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-147-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAUCAUUUCUGCACAAACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-147-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -58
Get sequence
|