| MirGeneDB ID | Cja-Mir-142-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-142-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021919.1: 68967226-68967288 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v4) |
Mir-142-P2-v4
CM021919.1: 68967226-68967288 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2-v1 CM021919.1: 68967228-68967286 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v2 CM021919.1: 68967228-68967286 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v3 CM021919.1: 68967228-68967286 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-142-P2-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACACCGACCGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGAUCACGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACACCGACCGACAGACAG--| G C A UAACAGCA ACAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C GUCGCACUAGAGGCUUCGGG^ G A C UGGGAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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|
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| Mature sequence | Cja-Mir-142-P2-v4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Cja-Mir-142-P2-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -63
Get sequence
|
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| Variant | Cja-Mir-142-P2-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCGACCGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGAUCACGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCGACCGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACUAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-142-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
|
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| Variant | Cja-Mir-142-P2-v2 |
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| Seed | UAGUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCGACCGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGAUCACGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCGACCGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACUAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-142-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-142-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-142-P2-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCGACCGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGAUCACGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCGACCGACAGACAGA--| G C A UAACAGCA CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C CGCACUAGAGGCUUCGGGU^ G A C UGGGAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-142-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-142-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence
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