MirGeneDB ID | Cfa-Mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-671 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-671 Cja-Mir-671 Cpo-Mir-671 Dno-Mir-671 Eca-Mir-671 Ete-Mir-671 Hsa-Mir-671 Laf-Mir-671 Mml-Mir-671 Mmr-Mir-671 Mmu-Mir-671 Neu-Mir-671 Ocu-Mir-671 Pab-Mir-671 Rno-Mir-671 Sha-Mir-671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr16: 15278792-15278851 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCGGUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGCUGGUGAACUGGCAGGCCAGGAAGAGGAGGAAGCCCUGGAGGGGCUGGAGGUGAUGGAUGUUUUCCUCCGGUUCUCAGGGCUCCACCUCUUCCGGGCCGUGGAGCCAGGGCUGGUGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCUGGUGAACUGGCA--| A A A GA UGAUGG GGCC GGAAGAGG GGA GCCCUG GGGGCUGGAGG \ CCGG CCUUCUCC CCU CGGGAC UCUUGGCCUCC A CGUGGUCGGGACCGAGGUG^ G A - -- UUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-671_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAAGCCCUGGAGGGGCUGGAGG -24
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-671_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCCGGUUCUCAGGGCUCCACC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-671 miRDB: MIMAT0009926 |