MirGeneDB ID | Cfa-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-105b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-105-P1 Cpo-Mir-105-P1 Ete-Mir-105-P1 Hsa-Mir-105-P1 Mml-Mir-105-P1 Mmu-Mir-105-P1 Ocu-Mir-105-P1 Rno-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 120405359-120405416 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-105-P1) |
Mir-105-P2
chrX: 120403205-120403263 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P1 chrX: 120405359-120405416 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGCAGGUUCUUCUGUGUGUGCAUCAUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUUGGUGGCUGCUUAUGCACCAUGAAUGUUUGAGCAUGUGCUAUGGUGUCUACUUGUGCAACAUCACCAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUGCAGGUUCUUCUGU--| U U A UCCU- GCUG GUG GCAUCAUGG CA AUGCUCAGAC UGGUG C CAU UGUGGUAUC GU UACGAGUUUG ACCAC U UCUACCACUACAACGUGUU^ C - G UAAGU GUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-105-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0010198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUUGGUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-105b miRDB: MIMAT0010198 |
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Star sequence | Cfa-Mir-105-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCAUGAAUGUUUGAGCAUGUGCU -58
Get sequence
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