MirGeneDB ID | Ete-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-105-P1 Cfa-Mir-105-P1 Cja-Mir-105-P1 Cpo-Mir-105-P1 Eca-Mir-105-P1 Hsa-Mir-105-P1 Mml-Mir-105-P1 Mmr-Mir-105-P1 Mmu-Mir-105-P1 Ocu-Mir-105-P1 Pab-Mir-105-P1 Rno-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980398: 4387984-4388041 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUGAAAGAGCUUCUGUGUGUGCAUUGUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUGUUGUGGCUGUUUGUGCACCAUGGAUUUUGAGCAUGUGCUAUGGCGUCUACUUCUGCAGCAUUGCAAUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUGAAAGAGCUUCUGU--| U A UG U A C - U GGCU GUG GC U UGG CA AUGCUCAGA UCC UG UGU G CAU UG G AUC GU UACGAGUUU AGG AC ACG U UCUAACGUUACGACGUCUU^ C C GU - G U U C UGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-105-P1_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUGUUGUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-105-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAUGGAUUUUGAGCAUGUGCU -58
Get sequence
|