| MirGeneDB ID | Cel-Mir-54-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-54 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-54-P2 Cel-Mir-54-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-54-o1 Cbr-Mir-54-P1a Cbr-Mir-54-P1b-v1 Cbr-Mir-54-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 13145011-13145076 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-54-P1) |
Mir-54-P3
chrX: 13144706-13144770 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-54-P2 chrX: 13144842-13144902 [-] UCSC Ensembl Mir-54-P1 chrX: 13145011-13145076 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAUUGGUAAUGUGAGUCGCGCUCUGACUAGGAUAUGAGACGACGAGAACAUUGCUUUUUUAAAAGACUUGUACCCGUAAUCUUCAUAAUCCGAGUCAGGGCUAGCUGACCAUAAACAUGCCUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAUUGGUAAUGUGAGUC -- A - -| CG AGA UUGCUUUU GC GCUCUGACU GGA UAUG AGA ACG ACA U CG CGGGACUGA CCU AUAC UCU UGC UGU U CUUCCGUACAAAUACCAGU AU G A U^ AA CCA UCAGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-54-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAUAUGAGACGACGAGAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-54-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UACCCGUAAUCUUCAUAAUCCGAG -66
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000025 TargetScanWorm: cel-miR-54 |
