| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-54-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-54 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-54a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-54-P1b-v1 Cbr-Mir-54-P1c Cbr-Mir-54-P2 Cbr-Mir-54-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-54-o1 Cel-Mir-54-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 16963777-16963838 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-54-P1a) |
Mir-54-P3
X: 16963349-16963415 [-]
Ensembl
Mir-54-P2 X: 16963478-16963540 [-] Ensembl Mir-54-P1b-v1 X: 16963615-16963679 [-] Ensembl Mir-54-P1b-v2 X: 16963616-16963678 [-] Ensembl Mir-54-P1a X: 16963777-16963838 [-] Ensembl Mir-54-P1c X: 16964087-16964152 [-] Ensembl |
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| Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUUCAGGACGUCUAAGCCGAUCCUUGGCUGGGAUAUGAGCAAACGUGUACACGAUACUUAUUCCCUGUACCCGUAUUCUCAUAUCUGAGCCAAGGAUCGUCGCAAAAGGCGGUGCUUCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUUCAGGACGUCUAAGC--| G CAA U CGAUAC CGAUCCUUGGCU GGAUAUGAG ACG GUACA U GCUAGGAACCGA UCUAUACUC UGC CAUGU U UCCUUCGUGGCGGAAAACGCU^ G UUA C CCCUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-54-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGAUAUGAGCAAACGUGUACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-54-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCCGUAUUCUCAUAUCUGAGC -62
Get sequence
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