| MirGeneDB ID | Cel-Let-7-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Let-7-P5 Cel-Let-7-P6 Cel-Let-7-P7 Cel-Let-7-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aga-Let-7 Agr-Let-7 Bge-Let-7 Bko-Let-7 Bpl-Let-7 Cbr-Let-7-P8 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dlo-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dpu-Let-7 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Eba-Let-7 Egr-Let-7 Esc-Let-7 Gpa-Let-7 Gsa-Let-7 Gsp-Let-7 Hme-Let-7 Hmi-Let-7 Hru-Let-7 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lgi-Let-7 Lhy-Let-7 Llo-Let-7 Mgi-Let-7 Mom-Let-7 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ofu-Let-7 Ovu-Let-7 Pau-Let-7 Pca-Let-7 Pcr-Let-7 Pdu-Let-7 Pfl-Let-7 Ple-Let-7 Pmi-Let-7 Pve-Let-7 Rph-Let-7 Sko-Let-7 Sma-Let-7 Sne-Let-7 Snu-Let-7 Spu-Let-7 Sro-Let-7 Tca-Let-7 Tur-Let-7 War-Let-7 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrV: 14364435-14364494 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P8) |
Let-7-P8
chrV: 14364435-14364494 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P7 chrV: 14366203-14366268 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAAUUAACCAAUUGAAACUCCCGGGAACUUGAGGUAGGCUCAGUAGAUGCGAAUUGAACGGUAUCUCACAUCCACCAGCCUAGCUCGCAUUCCCAGAGUUUACGGUAUUGUUUUAUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAAUUAACCAAUUGAA---| CC CU G CA A C AUUGAA ACUC GGGAA UGAG UAGGCU GU GAUG GA \ UGAG CCCUU GCUC AUCCGA CA CUAC CU C UAUUAUUUUGUUAUGGCAUU^ A- AC G C- C A CUAUGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Let-7-P8_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGGCUCAGUAGAUGCGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000019 TargetScanWorm: cel-miR-48 |
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| Star sequence | Cel-Let-7-P8_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAUCCACCAGCCUAGCUCGCA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015098 |
