| MirGeneDB ID | Bta-Mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-483 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-483-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-483 Cja-Mir-483 Cpo-Mir-483 Dno-Mir-483 Ete-Mir-483 Hsa-Mir-483 Mml-Mir-483 Mmr-Mir-483 Mmu-Mir-483 Neu-Mir-483 Ocu-Mir-483 Pab-Mir-483 Rno-Mir-483 Sha-Mir-483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037356.1: 49418347-49418407 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-483-v2) |
Mir-483-v1
NC_037356.1: 49418347-49418407 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-483-v2 NC_037356.1: 49418347-49418407 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Bta-Mir-483-v2 |
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| Seed | CACUCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUCUGGAGCCUGCGGUGGGGGGAGGGGAGGGCGGGAAGAAAGGAGGGCGUGGUCUGUGCAGCUCCUCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCUCCUUCUUCCUCCCAUUCCUGCCGGUCUCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUCUGGAGCCUGCGGU-- A A -| CGUGGUCU GGGGGGAGGGGAGGGCGGGA GA AGGAG GG G CCUUCUUCCUCUUCUGCCCU CU UCCUC CU U GACUCUGGCCGUCCUUACCCU C C A^ CCUCGACG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-483-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCGGGAAGAAAGGAGGGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bta-Mir-483-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-483 |
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| Variant | Bta-Mir-483-v1 |
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| Seed | ACUCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUCUGGAGCCUGCGGUGGGGGGAGGGGAGGGCGGGAAGAAAGGAGGGCGUGGUCUGUGCAGCUCCUCACUCCUCUCCUCCCGUCUUCUCCUUCUUCCUCCCAUUCCUGCCGGUCUCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUCUGGAGCCUGCGGU-- A A -| CGUGGUCU GGGGGGAGGGGAGGGCGGGA GA AGGAG GG G CCUUCUUCCUCUUCUGCCCU CU UCCUC CU U GACUCUGGCCGUCCUUACCCU C C A^ CCUCGACG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-483-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGCGGGAAGAAAGGAGGGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Bta-Mir-483-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACUCCUCUCCUCCCGUCUUCU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-483 |
