| MirGeneDB ID | Bta-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037335.1: 103437412-103437471 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
NC_037335.1: 103437412-103437471 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 NC_037335.1: 103437412-103437471 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 NC_037335.1: 103437413-103437470 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Bta-Mir-455-v2 |
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| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGUGGAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUGCCCGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CCAAGGUGCUACUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-455-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-5p |
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| Mature sequence | Bta-Mir-455-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-3p |
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| Variant | Bta-Mir-455-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGUGGAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUGCCCGCGCCCUUC- -| C UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C CAAGGUGCUACUGUAUCC A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bta-Mir-455-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-5p |
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| Star sequence | Bta-Mir-455-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-3p |
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| Variant | Bta-Mir-455-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGUGGAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUGCCCGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CCAAGGUGCUACUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-455-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-5p |
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| Mature sequence | Bta-Mir-455-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-455-3p |
