| MirGeneDB ID | Bko-Mir-7-P19b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bko-Mir-7-P18a Bko-Mir-7-P18b Bko-Mir-7-P19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bpl-Mir-7-P19 Cin-Mir-7 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Lpo-Mir-7 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. koreanus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000343.1: 1094578-1094650 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7-P19b) |
Mir-7-P18a
PJRA01000343.1: 1094468-1094531 [+]
Ensembl
Mir-7-P19b PJRA01000343.1: 1094578-1094650 [+] Ensembl |
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| Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACUAACCAAGAAUAAUGCUGUAUCUUUGUGGAAGACUAAUGAUUUUGUGUUUUGAAUAAAUUGUUUUUGUUUAAUUUAACAUGAAAUCUAAGUUUUCCGCAUAGUCAGCCUUUACUAUCUACUAAUAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAACUAACCAAGAAUAAU----| UAU U AAU UG UUGAAUAAAUUG GCUG CU UGUGGAAGACU GAUUU UGUU U CGAC GA ACGCCUUUUGA CUAAA ACAA U UAAAAUAAUCAUCUAUCAUUUC^ U-- U AU- GU UUUAAUUUGUUU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | predicted by MirMachine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bko-Mir-7-P19b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGACUAAUGAUUUUGUGUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Bko-Mir-7-P19b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
51- CAUGAAAUCUAAGUUUUCCGCA -73
Get sequence
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