MirGeneDB ID | Bpl-Mir-7-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rotifer (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bpl-Mir-7-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Hme-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lgi-Mir-7 Lpo-Mir-7 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pmi-Mir-7 Sko-Mir-7 Spu-Mir-7 Tca-Mir-7 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. plicatilis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000688.1: 553398-553465 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAACUAACAAUUUGAAAAGCUCGAUCUUUGUGGAAGACUAAUGAUUUUGUGUUUGGUUAAAAUUUGUGGUUCUUAACAUAAAAUCUAAGUUUUCCGCAAAGUCUGCUUUGAACUAACAGCUAAAAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAACUAACAAUUUGAAA----| UC U AAU UGGUUAAAAU AGC GA CUUUGUGGAAGACU GAUUUUGUGUU \ UCG CU GAAACGCCUUUUGA CUAAAAUACAA U UUAAAAAUCGACAAUCAAGUU^ U- - AU- UUCUUGGUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bpl-Mir-7-P19_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAAUGAUUUUGUGUU -23
Get sequence
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Star sequence | Bpl-Mir-7-P19_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- CAUAAAAUCUAAGUUUUCCGCA -68
Get sequence
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