| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-193-P1j | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-193-P1e Bfl-Mir-193-P1k Bfl-Mir-193-P1o1a Bfl-Mir-193-P1o1b Bfl-Mir-193-P1o2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Bla-Mir-193-P1j1 Bla-Mir-193-P1j2 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049982.1: 12293832-12293890 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P1j) |
Mir-193-P1o1a
NC_049982.1: 12290547-12290605 [+]
UCSC
Mir-193-P1o1b NC_049982.1: 12291054-12291112 [+] UCSC Mir-193-P1o2 NC_049982.1: 12293365-12293425 [+] UCSC Mir-193-P1j NC_049982.1: 12293832-12293890 [+] UCSC Mir-193-P1k NC_049982.1: 12294554-12294613 [+] UCSC |
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| Seed | ACUGGCC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGCCAAAUGAUGCCCACUGUGGUCAGUCGGGACCUCGUGGGCCAGACGGUUAUGUAACAGACCCUACUGGCCCGCUAAGUCCUGAUCGACUGCAGUGACUUCAUUUUUCGAUGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGUGCCAAAUGAUGCC-- UG A CUC AC-| UUAUG CACUG GUC GUCGGGAC GUGGGCCAG GG U GUGAC CAG UAGUCCUG CGCCCGGUC CC A ACCGUAGCUUUUUACUUCA GU C AAU AUC^ AGACA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-193-P1j_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGACCUCGUGGGCCAGACGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-193-P1j_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACUGGCCCGCUAAGUCCUGAU -59
Get sequence
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