| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-193-P1o1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACUGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-193-P1e Bfl-Mir-193-P1j Bfl-Mir-193-P1k Bfl-Mir-193-P1o1a Bfl-Mir-193-P1o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cbr-Mir-193-P1-v2 Cel-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v2 Cgi-Mir-193-P1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dan-Mir-193-P1-v2 Dan-Mir-193-P1-v3 Dan-Mir-193-P1-v4 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dme-Mir-193-P1-v2 Dme-Mir-193-P1-v3 Dme-Mir-193-P1-v4 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v2 Dmo-Mir-193-P1-v3 Dmo-Mir-193-P1-v4 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dsi-Mir-193-P1-v2 Dsi-Mir-193-P1-v3 Dsi-Mir-193-P1-v4 Dya-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v2 Dya-Mir-193-P1-v3 Dya-Mir-193-P1-v4 Efe-Mir-193-P1o Esc-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049982.1: 12291054-12291112 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCACCACCACCAUGCCAGCUGUAGCCGGUCGGGACUUGGCGGACCAGACGGUUCUUUGUCGUGUCCUACUGGCUCGCCAAGUCCUAGUCGGCUGCGGCGAGAAACACCUGUCAAUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCCACCACCACCAUGCCA--| UC GA AC UUCUUU GCUGUAGCCGG GGGACUUGGCG CCAG GG \ CGGCGUCGGCU UCCUGAACCGC GGUC CC G CUCUAACUGUCCACAAAGAG^ GA UC AU UGUGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-193-P1o1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGACUUGGCGGACCAGACGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-193-P1o1b_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACUGGCUCGCCAAGUCCUAGU -59
Get sequence
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