MirGeneDB ID | Ava-Mir-153-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ava-Mir-153-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-153 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bko-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Cin-Mir-153 Cte-Mir-153 Dgr-Mir-153 Dma-Mir-153 Dpu-Mir-153 Eba-Mir-153 Egr-Mir-153 Gsa-Mir-153 Gsp-Mir-153 Hmi-Mir-153 Hru-Mir-153 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lgi-Mir-153 Llo-Mir-153 Mgi-Mir-153 Mom-Mir-153 Npo-Mir-153 Obi-Mir-153 Ofu-Mir-153 Ovu-Mir-153 Pau-Mir-153 Pca-Mir-153 Pcr-Mir-153 Pdu-Mir-153 Pfl-Mir-153 Pmi-Mir-153 Pve-Mir-153 Rph-Mir-153 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Snu-Mir-153 Spu-Mir-153 Tur-Mir-153 War-Mir-153 Xbo-Mir-153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 12603570-12603626 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAGUUAAUGCACCGAUAGUUCUUUUUGGGCAGCUUUUGAUAAUUAUGCAAUUUGUAAUCAAUAAUUGCAUAGUCACAAAAGCGACCUGAUGAGAAUGAUUAAUUUUUACAAUUAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCAGUUAAUGCACCGAUA--| U UG CA AUA UGUA GUUCUU U GG GCUUUUG AUUAUGCAAUU A UAAGAG A CC CGAAAAC UGAUACGUUAA U UAAUUAACAUUUUUAAUUAG^ U GU AG AC- UAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ava-Mir-153-P21_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCUUUUGAUAAUUAUGCAAUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Ava-Mir-153-P21_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UUGCAUAGUCACAAAAGCGACC -57
Get sequence
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