| MirGeneDB ID | Ami-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709598.1: 575720-575782 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-214-v1
NW_017709598.1: 575720-575782 [-]
UCSC
Mir-214-v2 NW_017709598.1: 575720-575782 [-] UCSC Mir-199-P1-v1 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC Mir-199-P1-v2 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC Mir-199-P1-v3 NW_017709598.1: 581638-581698 [-] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAUUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCACUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAUUGGCUGGACGGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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| Variant | Ami-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAUUGGCUGGACGGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCACUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAUUGGCUGGACGGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCAACAGUAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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