| MirGeneDB ID | Aca-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343506.1: 18029-18086 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v1
GL343506.1: 18028-18087 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-147-v2 GL343506.1: 18029-18086 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-147-v2 |
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| Seed | GUGUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUCUUCACGUGACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCACUUCCGCACAAACUAGAUGAAUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUCCAGCUUUUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUCUUCACGUGACAC--| U C UG U C AACUAGAUG UCUA GAAU UAG GAA CA UUCCGCACA A GGAU UUUA AUC CUU GU AAGGCGUGU A GUUUUUCGACCUCCCUCUG^ U C GU C A GACCAAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-147-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAUCACUUCCGCACAAACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-147-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -58
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-147-v1 |
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| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUCUUCACGUGACACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCACUUCCGCACAAACUAGAUGAAUGAAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUCCAGCUUUUUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGCCUCUUCACGUGACA--| U C UG U C AACUAGAUG CUCUA GAAU UAG GAA CA UUCCGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GU AAGGCGUGU A GGUUUUUCGACCUCCCUCU^ U C GU C A GACCAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-147-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGGAAUCACUUCCGCACAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-147-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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