MirGeneDB ID | Xla-Mir-726-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-726 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-726-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-726 Cpi-Mir-726 Dre-Mir-726 Gga-Mir-726 Gja-Mir-726 Loc-Mir-726 Mal-Mir-726 Spt-Mir-726 Tgu-Mir-726 Tni-Mir-726 Xtr-Mir-726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 37731587-37731652 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACCUGUCCUGUCCCUGUGGGUGCUUGUCAGGAAUUCUGCUAGUUCUGAACUAUUCCAUGUUAGUAAGCAAAAGUUCACUACUAGCAGAACUCGGCCAUGUACCACACUUGCUGCCCAAAGGACAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CACCUGUCCUGUCCCUG-- - UU-| AG A UC AUUCCAUGU UG GGUGC GUC GA UUCUGCUAGU UGAACU U AC CCAUG CGG CU AAGACGAUCA ACUUGA A GACAGGAAACCCGUCGUUC A UAC^ -- C UC AAACGAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-726-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAAUUCUGCUAGUUCUGAACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-726-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UUCACUACUAGCAGAACUCGGC -66
Get sequence
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